Fueron horas de angustia, de incertidumbre. Cuando se conoció la noticia de la desaparición del ARA San Juan las hipótesis sobre lo ocurrido se multiplicaron.
El reporte de la tripulación del ARA San Juan dio cuenta de un «cortocircuito y principio de incendio en el balcón de barra de baterías» debido al «ingreso de agua de mar por el sistema de ventilación».
El submarino reportó además que las baterías de proa «quedaron fuera de servicio» y que no se produjeron inconvenientes con los tripulantes. «Sin novedades de personal», informó sobre esto.
El mensaje fue plasmado en una comunicación oficial con la firma del capitán de navío Claudio Javier Villamide, Comandante de la Fuerza de Submarinos, enviada por el Comando Fuerza de Submarinos y recibida por el Comando de Adiestramiento y Alistamiento, que tiene base en Puerto Belgrano.
Poco después, a las 10:51, se registró una explosión en el trayecto que cubría el submarino.
La zona en la que se identificó ese evento anómalo, según se pudo reconstruir, fue a 430 kilómetros de la costa.